L'organo mobile
Inoltre, nella basilica si trova l'organo a canne mobile Walcker opus 5757, costruito nel 1981; utilizzato per un periodo nelle celebrazioni in Piazza San Pietro, attualmente si trova nel braccio di sinistra del transetto, presso l'altare di destra, dedicato a san Tommaso apostolo. Lo strumento venne donato dal cancelliere della Repubblica Federale Tedesca Helmut Schmidt a papa Giovanni Paolo II l'11 aprile 1985 e benedetto dal pontefice il giorno stesso nella cappella del Santissimo Sacramento della basilica vaticana. Lo strumento è a trasmissione integralmente meccanica ed è interamente racchiuso da una cassa lignea di fattura geometrica che presenta, sulla parte anteriore, una mostra composta da 19 canne di principale in tre campi (quelli laterali con sette canne ciascuno, quello centrale con cinque), sormontata dallo stemma di Giovanni Paolo II. La consolle è a finestra e dispone di due tastiere di 58 note ciascuna e pedaliera concava di 30 note, con i registri azionati da pomelli ad estrazione posti su su due colonne, una alla destra e una alla sinistra dei manuali.
Disposizione fonica:
I - Hauptwerk
Prinzipal 8'
Rohrflöte 8'
Oktave 4'
Feldflöte 2'
Mixtur IV1.1/3'
II - Positiv
Holzgedackt 8'
Gemshorn 4'
Prinzipal 2'
Scharf III 1'
Pedalwerk
Subbass 16'
Posaune 8'
Disposizione fonica:
I - Hauptwerk
Prinzipal 8'
Rohrflöte 8'
Oktave 4'
Feldflöte 2'
Mixtur IV1.1/3'
II - Positiv
Holzgedackt 8'
Gemshorn 4'
Prinzipal 2'
Scharf III 1'
Pedalwerk
Subbass 16'
Posaune 8'